Resumo rápido
NF-e
Registra uma operação fiscal envolvendo mercadorias. Seu auxiliar é o DANFE.
CT-e
Documenta uma prestação de serviço de transporte. Seu auxiliar é o DACTE.
MDF-e
Vincula documentos fiscais transportados à unidade de carga. Seu auxiliar é o DAMDFE.
Por que a diferença importa ao converter XML?
Cada XML possui estrutura própria. Um gerador de DANFE espera NF-e; um gerador de DACTE espera CT-e; um gerador de DAMDFE espera MDF-e.
Fontes oficiais
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